Napoléon đã ra lệnh tiến thẳng về hướng quân đội của Murad với mỗi năm sư đoàn được tổ chức thành các hình chữ nhật rỗng với kỵ binh và quân nhu ở trung tâm và đại bác ở các góc. Các sư đoàn Pháp tiến về phía nam trong tiếng hô vang, với cánh phải dẫn đầu và sườn trái được bảo vệ bởi sông Nile. Từ phải sang trái, Napoléon sắp xếp các sư đoàn dưới sự chỉ huy của Louis Charles Antoine Desaix, Jean-Louis-Ébénézer Reynier, Charles-François-Joseph Dugua, Honoré Vial và Louis André Bon. Ngoài ra, Desaix đã gửi một biệt đội nhỏ để chiếm ngôi làng Biktil ngay phía tây gần đó. Murad đóng cánh phải của mình tại làng Embabeh bên bờ sông Nile, nơi được củng cố và yểm trợ bởi bộ binh và một số khẩu pháo cổ xưa. Lực lượng kỵ binh Mamluk của ông được triển khai trên sườn sa mạc. Ibrahim, với một đội quân thứ hai, bất lực nhìn từ bờ đông sông Nil mà không thể can thiệp. Chandler khẳng định rằng quân đội 25.000 quân của Napoléon đông hơn quân đội với hơn 6.000 kỵ binh Mamluk và 15.000 bộ binh của Murad.

Vào khoảng 15:30, kỵ binh Mamluk đã tự mình lao vào trận địa của quân Pháp mà không báo trước. Các trận hình ô vuông của Desaix, Reynier và Dugua giữ vững và đẩy lùi kỵ binh bằng súng hỏa mai và pháo binh. Không thể tạo tổn thương với đội hình của Pháp, một số người Mamluk thất vọng đã chuyển sang tấn công lực lượng tách ra của Desaix, nhưng cũng phải hứng chịu thất bại. Trong khi đó, gần sông, sư đoàn của Bon triển khai thành các đội hình hàng dọc và tấn công vào làng Embabeh. Đột nhập vào làng, người Pháp đánh đuổi được quân đồn trú. Bị mắc kẹt dưới sông, nhiều người Mamluk và bộ binh đã cố gắng bơi đến nơi an toàn trong hỗn loạn khiến hàng trăm người chết đuối. Napoléon báo cáo mất 29 người chết và 260 người bị thương. Những tổn thất của Murad nặng nề hơn rất nhiều, có lẽ lên tới 3.000 kỵ binh Mamluk không thể thay thế và số lượng bộ binh không xác định. Murad trốn thoát đến Thượng Ai Cập, tại đó ông tiếp tục thực hiện chiến tranh du kích trước khi bị Desaix đánh bại vào cuối năm 1799.